Lahir pada tanggal 12 Juli 1967, John Petrucci dibesarkan di keluarga musik di Long Island, New York. Walaupun orang tuanya tidak bermain instrumen, kakaknya yang lebih tua memainkan piano dan organ, saudaranya memainkan bass dan adiknya memainkan klarinet. Sementara adiknya terinspirasi beberapa minatnya di musik, Yohanes mengatakan alasan utama dia mengambil gitar itu karena semua anak-anak di lingkungannya sedang bermain dan terlihat menyenangkan.
John mulai mengambil pelajaran gitar ketika ia berumur 12 tahun dan sejak itu menjadi salah satu pemain paling dikenal di dunia gitar baru. Dia saat ini memberikan kontribusi kolom rutin untuk Guitar World Magazine dan involded dengan transkripsi untuk "Gambar dan Kata" dan "Awake" buku lembaran musik. Dia memiliki video instruksional yang tersedia di toko. pengaruh lain Yohanes (kebetulan semua nama Steve atau Al) termasuk Steve Vai, Al DiMeola, Alex Lifeson, Steve Howe, Alan Holdsworth dan akhir Stevie Ray Vaughan.
